Επισκόπηση

Η αλληλούχιση ενός όγκου σε επίπεδο DNA μετατρέπει ένα μόνο δείγμα ιστού σε έναν χάρτη των μεταλλάξεων που οδηγούν την ασθένεια. Το πάνελ 12 γονιδίων συν την αστάθεια μικροδορυφόρων (MSI) εφαρμόζει αλληλούχιση επόμενης γενιάς βασισμένη σε αμπλικον για να αναδείξει τις αλλοιώσεις που καθορίζουν εάν στοχευμένα φάρμακα θα λειτουργήσουν. Αυτός ο εστιασμένος σχεδιασμός παρέχει στις ογκολογικές ομάδες μια γρήγορη, οικονομική γονιδιωματική αποτύπωση χωρίς το κόστος ενός πολύ μεγάλου πάνελ.

Πώς Λειτουργεί

Η ανάλυση εμπλουτίζει και αλληλουχεί δώδεκα γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο — συμπεριλαμβανομένων των EGFR, KRAS, BRAF, ALK και MET — απευθείας από φορμαλίνη-σταθεροποιημένο, παραφινωμένο (FFPE) ιστό. Η προετοιμασία βιβλιοθήκης χρησιμοποιεί πολλαπλή αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης για την ενίσχυση των περιοχών-στόχων, η οποία διατηρεί την αποτελεσματικότητα της ροής εργασίας ακόμη και όταν το αρχικό υλικό είναι περιορισμένο. Μετά την αλληλούχιση, οι βιοπληροφορικές γραμμές επεξεργασίας ευθυγραμμίζουν τις αναγνώσεις, ανακαλούν μονονουκλεοτιδικές παραλλαγές και μικρές εισαγωγές ή διαγραφές, και υπολογίζουν την κατάσταση MSI συγκρίνοντας την κατανομή μήκους επαναλαμβανόμενων τόπων έναντι μιας σταθερής αναφοράς. Μια αναφορά στη συνέχεια παραθέτει κάθε ανιχνευόμενη παραλλαγή με τη γονιδιωματική της θέση, τη συχνότητα αλληλομόρφων και μια κλινική-σχετική σχολιασμό που προέρχεται από δημόσιες βάσεις δεδομένων παραλλαγών.

Ενδείξεις

Οι γιατροί παραγγέλνουν αυτό το πάνελ για ασθενείς με προχωρημένο μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα που χρειάζονται μια εστιασμένη γονιδιωματική εικόνα πριν δεσμευτούν σε θεραπεία. Ταιριάζει σε περιπτώσεις όπου ένα ευρύ πάνελ δεν είναι απαραίτητο, αλλά απαιτείται επιβεβαίωση των πιο θεραπεύσιμων οδηγών. Το στοιχείο MSI προσθέτει αξία για ασθενείς που εξετάζονται για ανοσοθεραπεία, επειδή η υψηλή MSI προβλέπει την ανταπόκριση στους αναστολείς σημείων ελέγχου σε όλους τους τύπους όγκων.

Δείγμα & Αναφορά

Ένα μπλοκ FFPE ή 5–10 άχρωμα αντικείμενα παρέχουν επαρκή είσοδο για τη δοκιμή. Ο χρόνος παράδοσης είναι συνήθως 7–10 εργάσιμες ημέρες από την παραλαβή του δείγματος, και τα αποτελέσματα παραδίδονται ως δομημένο PDF με πίνακες παραλλαγών και περίληψη ερμηνείας. Η επανεκχύλιση είναι διαθέσιμη όταν η αρχική ποσότητα νουκλεϊκού οξέος πέφτει κάτω από το επικυρωμένο όριο.

Αποθήκευση & Προμήθεια

Οι κύλινδροι ιστού πρέπει να αποστέλλονται σε θερμοκρασία περιβάλλοντος με ξηραντικό, ενώ το εκχυλισμένο νουκλεϊκό οξύ ταξιδεύει σε ξηρό πάγο για τη διατήρηση της ακεραιότητας. Για συνεργάτες νοσοκομείων και διανομέων, οι ομαδοποιημένες υποβολές μειώνουν το κόστος ανά δείγμα και ομαλοποιούν τον προγραμματισμό του εργαστηρίου. Η Life Time International υποστηρίζει την επαναλαμβανόμενη παραγγελία και την ενοποιημένη εφοδιαστική για ομάδες που εκτελούν το πάνελ σε όγκο.

Συχνές Ερωτήσεις

Ε: Ποια γονίδια περιλαμβάνονται στο πάνελ των 12 γονιδίων; Το πάνελ καλύπτει EGFR, KRAS, BRAF, ALK, MET και άλλους οδηγούς καρκίνου του πνεύμονα υψηλής συχνότητας που επιλέγονται για τη διαπιστωμένη σύνδεσή τους με εγκεκριμένες θεραπείες.

Ε: Πώς προσδιορίζεται η κατάσταση MSI από την ίδια ανάλυση; Η γραμμή επεξεργασίας μετρά την ολίσθηση σε επαναλαμβανόμενους τόπους και συγκρίνει την παρατηρούμενη κατανομή μήκους με μια σταθερή αναφορά, ταξινομώντας το δείγμα ως MSS, MSI-L ή MSI-H.

Ε: Ποια ποσότητα δείγματος απαιτείται όταν ο ιστός είναι σπάνιος; Πέντε έως δέκα άχρωμα αντικείμενα FFPE είναι συνήθως επαρκή, και το βήμα βιβλιοθήκης βασισμένο σε PCR ανέχεται χαμηλότερη είσοδο από τις μεθόδους ολικού εξωνίου.

Ε: Μπορεί η αναφορά να καθοδηγήσει την επιλογή πρώτης γραμμής στοχευμένης θεραπείας; Ναι. Ανιχνευόμενες ευαισθητοποιητικές παραλλαγές όπως οι διαγραφές του εξωνίου 19 του EGFR ή οι συντήξεις ALK αναφέρονται με συσχετίσεις θεραπείας για την υποστήριξη αποφάσεων πρώτης γραμμής.