Σύνοψη

Ένα πάνελ αλληλουχίας γονιδίων επόμενης γενιάς (NGS) με 148 γονίδια για στερεούς όγκους μετατρέπει ένα μόνο ιστό ή δείγμα νουκλεϊκού οξέος σε ένα δομημένο χάρτη ενεργήσιμων γονιδιωματικών αλλαγών.Για τους αγοραστές B2B που λειτουργούν εργαστήρια αναφοράς ή διαχειρίζονται τη διασυνοριακή διανομή, ο διαφοροποιητής είναι σπάνια μόνο ο αριθμός των γονιδίων, αλλά η αξιοπιστία του εργαστηρίου και η πειθαρχία πίσω από την έκθεση.Αυτό το άρθρο εξηγεί την αρχή ανίχνευσης του NGS και γιατί ένας κύκλος οκτώ εργάσιμων ημερών μπορεί να επιτευχθεί χωρίς να θυσιάζεται το αναλυτικό βάθος.

Πώς το NGS καταγράφει τέσσερις κατηγορίες παραλλαγών

Το NGS λειτουργεί με το να κατακερματίζει το DNA του όγκου, να συνδέει προσαρμογείς αλληλουχίας και να διαβάζει παράλληλα εκατομμύρια μικρά θραύσματα.Η βιοπληροφορική στη συνέχεια ευθυγραμμίζει αυτές τις αναγνώσεις με ένα γονιδίωμα αναφοράς για να καλέσει αλλαγέςΈνα καλά σχεδιασμένο πάνελ στερεών όγκων αναφέρει τέσσερις κατηγορίες παραλλαγών: μονο-νουκλεοτιδικές παραλλαγές (SNVs), μικρές ενσωματώσεις και διαγραφές (indels), αλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNAs),και γενετικές συγχωνεύσεις που δημιουργούνται από δομικές αναδιατάξειςΕπειδή η ίδια βιβλιοθήκη υποστηρίζει και τα τέσσερα, μια εξέταση αντικαθιστά πολλά παλαιότερα τεστ ενός γονιδίου.και επιλεγμένες οδούς αποκατάστασης βλάβης στο DNA, παρέχοντας στους κλινικούς μια ευρύτερη βάση για τις αποφάσεις θεραπείας και αντιστοίχισης των δοκιμών.

Από τις Ακατέργαστες Διαβάσεις σε Κλινική Έκθεση

Ο αναλυτικός σωλήνας ξεκινά με τον έλεγχο ποιότητας της βιβλιοθήκης, ακολουθούμενο από ευθυγράμμιση, κλήση παραλλαγών και σχολιασμό σε σχέση με τις επιλεγμένες βάσεις δεδομένων.Η αναφορά περιλαμβάνει συνήθως το φορτίο μετάλλαξης όγκου (TMB) και την αστάθεια μικροαστροειδών (MSI), εφόσον επικυρώθηκε.Ένας κύκλος οκτώ εργάσιμων ημερών εξαρτάται από πειθαρχημένη προαναλύσεις: ταχεία εξαγωγή νουκλεϊκών οξέων, τυποποιημένη προετοιμασία βιβλιοθήκης,και αυτοματοποιημένη αναφορά που σηματοδοτεί τις παραλλαγές σύμφωνα με τη γνωστή κλινική σημασίαΟι αγοραστές θα πρέπει να ζητήσουν μετρήσεις επικύρωσης όπως ευαισθησία, ειδικότητα και όριο ανίχνευσης, δεδομένου ότι αυτές καθορίζουν εάν μια παραλλαγή χαμηλής συχνότητας αναφέρεται ή δεν αναφέρεται.

Μια κλινικά χρήσιμη περίληψη 148 γονιδίων διαχωρίζει τις παραλλαγές γνωστής σημασίας από τις παραλλαγές αβέβαιης σημασίας.και σημειώνει αν ένα εύρημα χαρτογραφεί σε μια εγκεκριμένη θεραπεία, μια συνεχιζόμενη κλινική δοκιμή, ή μόνο προκλινική λογική.Η τυποποιημένη αναφορά απλοποιεί επίσης την ενσωμάτωση με τα συστήματα πληροφοριών εργαστηρίου και υποστηρίζει τη συνεπή επικοινωνία με τους κλινικούς παραγγελέων σε όλες τις περιοχές.Εξίσου σημαντική είναι η ιχνηλασιμότητα: η σύνδεση κάθε αποτελέσματος με την συγκεκριμένη παρτίδα, την έκδοση αντιδραστήρα και τον χρησιμοποιούμενο σωλήνα βιοπληροφορικής επιτρέπει την ταχεία διερεύνηση κάθε ανωμαλίας.

Γενικές ερωτήσεις

Ε: Μια μεγαλύτερη γενετική ομάδα σημαίνει πάντα μια καλύτερη έκθεση;Α: Όχι απαραίτητα. Η κλινική χρησιμότητα εξαρτάται από τα γονίδια που περιλαμβάνονται, τα δεδομένα επικύρωσης πίσω από αυτά, και την ποιότητα των σχολίων.Το καλά επικυρωμένο πάνελ συχνά ξεπερνά μια μεγαλύτερη λίστα με ρηχή κάλυψη..

Ε: Γιατί η αλλαγή έχει σημασία για τις δοκιμές στερεών όγκων;Α: Τα περιθώρια θεραπείας σε προχωρημένο καρκίνο είναι στενά. Ένας κύκλος οκτώ εργάσιμων ημερών βοηθά τους ογκολόγους και τις μοριακές επιτροπές να επιστρέψουν τα αποτελέσματα ενώ οι αποφάσεις θεραπείας είναι ακόμα ανοικτές.

Ε: Μπορεί ένα πάνελ να υποστηρίξει τόσο τις SNV όσο και τις συγχωνεύσεις;Α: Ναι. Οι σύγχρονες βιβλιοθήκες NGS έχουν σχεδιαστεί για να ανιχνεύουν SNVs, indels, αλλαγές αριθμού αντιγράφων και συγχωνεύσεις γονιδίων από την ίδια είσοδο DNA, γι 'αυτό και μια ενιαία δοκιμή μπορεί να αντικαταστήσει πολλαπλές παλαιές δοκιμές.