Δοκιμή γονιδιακής μετάλλαξης PDGFRA: Προσδιορισμός της υποομάδας όγκου που αφήνει πίσω η δοκιμή KIT

Επισκόπηση

Δεν οδηγείται κάθε στρωματικός όγκος από το KIT και οι ασθενείς που βρίσκονται εκτός αυτής της ομάδας είναι ακριβώς ο λόγος για τον οποίο διατάσσεται ο προσδιορισμός γονότυπου PDGFRA. Αυτό το κομμάτι προσεγγίζει την ανάλυση ως πληθυσμιακή ερώτηση: ποιοι όγκοι φέρουν παραλλαγές PDGFRA, πού στο σώμα τείνουν να προκύψουν αυτοί οι όγκοι και πώς μια αναφορά πρέπει να οριοθετεί την υποομάδα, ώστε οι κλινικοί γιατροί να μπορούν να ενεργήσουν σε αυτήν.

Πώς λειτουργεί

Το PDGFRA ανήκει στην ίδια οικογένεια υποδοχέων με το KIT και αναμεταδίδει συγκρίσιμα σήματα ανάπτυξης μέσω μιας ενδοκυτταρικής περιοχής κινάσης. Οι αλλαγές ενεργοποίησης συγκεντρώνονται σε τρεις περιοχές: το εξόνιο 18, το οποίο κωδικοποιεί τον βρόχο ενεργοποίησης και φιλοξενεί τη συχνά παρατηρούμενη υποκατάσταση D842V. εξόνιο 12, που καλύπτει την παραμεμβρανική περιοχή. και το εξόνιο 14, που καλύπτει μέρος της περιοχής κινάσης. Επειδή αυτές οι θέσεις διαφέρουν από τα hotspot KIT, μια απαίτηση μόνο για KIT επιστρέφει αρνητικό αποτέλεσμα σε αυτήν την υποομάδα, παρόλο που υπάρχει ένα γνήσιο πρόγραμμα οδήγησης σε επίπεδο υποδοχέα. Η αλληλούχιση του PDGFRA παράλληλα ή αμέσως μετά το KIT κλείνει αυτό το κενό και επαναταξινομεί όγκους που είχαν προηγουμένως επισημανθεί ως οδηγός-άγνωστος.

Ενδείξεις

Η υποομάδα που αξίζει να δοθεί προτεραιότητα είναι καλά χαρακτηρισμένη: στρωματικοί όγκοι που αναφέρονται ως άγριου τύπου KIT, βλάβες που προκύπτουν στο στομάχι ή στο στομάχι και περιπτώσεις που δείχνουν μορφολογία επιθηλίου στο μικροσκόπιο. Όπου ο ιστός είναι σπάνιος και μόνο μια περαιτέρω εξέταση είναι ρεαλιστική, αυτά τα χαρακτηριστικά προσδιορίζουν τους ασθενείς που είναι πιο πιθανό να δώσουν ένα ενημερωτικό αποτέλεσμα PDGFRA. Η εξέταση χρησιμοποιείται για τη μοριακή ταξινόμηση του όγκου και θα πρέπει να ερμηνεύεται παράλληλα με την ιστολογία και όχι μεμονωμένα.

Προδιαγραφές και Αναφορά

Ο σταθεροποιημένος με φορμαλίνη ιστός είναι η τυπική είσοδος, με το εργαστήριο να επιβεβαιώνει την κυτταρικότητα του όγκου πριν από την εξαγωγή. Η κάλυψη θα πρέπει να εκτείνεται στα εξόνια 12, 14 και 18 και η αναφορά θα πρέπει να εμφανίζει ρητά ένα εύρημα του εξονίου 18 D842V αντί να το διπλώνει σε μια γενική κατηγορία εξονίου 18, καθώς αυτή η συγκεκριμένη υποκατάσταση ορίζει μια ξεχωριστή υποομάδα εντός της υποομάδας. Το κλάσμα παραλλαγής αλληλόμορφων, η προβλεπόμενη πρωτεϊνική συνέπεια και το όριο ανίχνευσης της δοκιμασίας συμπληρώνουν μια χρησιμοποιήσιμη αναφορά.

Αποθήκευση και προμήθεια

Όταν το PDGFRA ακολουθεί ένα αίτημα KIT ως αντανακλαστικό έλεγχο, ο πρακτικός περιορισμός είναι ο υπολειπόμενος ιστός και όχι η θερμοκρασία. Επιβεβαιώστε με το εργαστήριο πόσες τομές μπορεί να υποστηρίξει ένα μεμονωμένο μπλοκ και εάν το εξαγόμενο DNA διατηρείται για αιτήματα κατάντη, καθώς η εκ νέου κοπή ενός εξαντλημένου μπλοκ είναι συχνά αδύνατη. Τα μπλοκ ταξιδεύουν σε θερμοκρασία περιβάλλοντος, ενώ το διατηρημένο νουκλεϊκό οξύ αρχειοθετείται παγωμένο. Η συμφωνία των κριτηρίων αντανακλαστικών εκ των προτέρων αποφεύγει ένα δεύτερο αίτημα δείγματος που ο ασθενής μπορεί να μην είναι σε θέση να παράσχει.

FAQ

Ε: Ποιοι ασθενείς πρέπει να έχουν προτεραιότητα για ανάλυση PDGFRA όταν ο ιστός είναι περιορισμένος;Δώστε προτεραιότητα σε περιπτώσεις άγριου τύπου KIT, γαστρικά ή πνευμονικά πρωτοπαθή και όγκους με επιθηλοειδή χαρακτηριστικά. Αυτά τα χαρακτηριστικά συγκεντρώνουν τη διαγνωστική απόδοση όταν μπορεί να εξοικονομηθεί μόνο ένα επιπλέον τμήμα.

Ε: Γιατί η αντικατάσταση του εξονίου 18 D842V ξεχωρίζει στις αναφορές;Είναι η πιο συχνά συναντώμενη αλλαγή PDGFRA και συμπεριφέρεται ως η δική της μοριακή κατηγορία, επομένως η ομαδοποίησή της κάτω από μια γενική επικεφαλίδα εξονίου 18 απορρίπτει τη διάκριση που κάνει το αποτέλεσμα ενεργό.

Ε: Ένα θετικό PDGFRA εύρημα αλλάζει τον τρόπο ταξινόμησης του όγκου;Μετακινεί τη θήκη από τον οδηγό-άγνωστο σε έναν καθορισμένο μοριακό υποτύπο. Η ανατομική διάγνωση ισχύει, αλλά η μοριακή ταξινόμηση και ο πληθυσμός στον οποίο ανήκει ο ασθενής αλλάζει.